Stefan Lukschy wurde in Berlin geboren und wuchs in Berlin, München und Hamburg auf. Er entstammt einer Künstlerfamilie. Die Mutter war Malerin, Bühnenbildnerin und Innenarchitektin, der Vater Film- und Theaterschauspieler, sowie Theaterregisseur.
Während seiner Schulzeit studierte er Klavier und Dirigieren. Gleichzeitig erwachte in ihm das Interesse für Literatur, Fotografie und Film. Nach einem Studium der Germanistik, Publizistik, Philosophie und Musikwissenschaft begann er 1972 ein Regie-Studium an der dffb (Deutsche Film- und Fernsehakademie Berlin).
Mit seiner Abschlussarbeit „Krawatten für Olympia“ inszenierte er 1976 seinen ersten Kinospielfilm.

Noch während des Studiums begann 1975 seine Zusammenarbeit mit Loriot. Zunächst als Regieassistent und Cutter, dann zusätzlich als Dramaturg und Co-Regisseur. Später betreute er als Herausgeber die DVD-Editionen des Loriot’schen Werks („Die vollständige Fernsehedition“ 2007 und „Loriot und die Musik“ 2010). Aus der Jahrzehnte währenden Zusammenarbeit erwuchs eine enge Freundschaft bis zu Loriots Tod im Jahr 2011. Über Loriot als Schauspiellehrer drehte er 2011 den Dokumentarfilm „Professor Loriot“. Über die Zusammenarbeit und die lebenslange Freundschaft hat Stefan Lukschy den Bestseller „Der Glückliche schlägt keine Hunde – ein Loriot-Porträt“ geschrieben (2013, Aufbau-Verlag).
Seit 1976 realisierte er als Drehbuchautor und Regisseur zahlreiche TV-Filme, TV-Serien und Kinofilme, darunter „Valse Triste“ (Kinokurzfilm, Bundesfilmpreis, 1979); „Wer spinnt denn da, Herr Doktor?“ mit Otto Sander, Sunnyi Melles, Peter Fitz und Hannelore Elsner (Kinospielfilm, 1982); „Oft passiert es unverhofft“ (TV-Special mit Otto Schenk, Silberne Rose von Montreux, 1985); „Hals über Kopf“ (TV-Kinderserie, 1986-88), „Pinky und der Millionenmops“ mit Hans Clarin, Carmen-Maja Antoni und Heinrich Schafmeister (Kinofilm, 2000); „Suche Mann für meine Frau“ (2002), „Ich liebe meine Familie, ehrlich“ (1998), „Ach, Du Fröhliche“ (1995) - TV-Filme, letzterer Mit Harald Juhnke und Nicole Heesters; außerdem 200 Sketche der Sketchreihe „Harald und Eddi“ mit Harald Juhnke und Eddi Arent – und vieles mehr.
Außer den oben genannten arbeitete er mit Boy Gobert, Walther Schmidinger, Dieter Hallervorden, Inge Meysel, Wolfgang Stumph, Rosemarie Fendel, Susanne von Borsody, Thekla Carola Wied, Bully Herbig, Otto Waalkes und Gert Fröbe. Lukschy ist Mitglied der „Deutschen Filmakademie“ Die Farbe der Sterne entstand mit Co-Autor Curtis Briggs und ist sein erster Roman. Zur Zeit arbeitet er an seinem zweiten Roman.